Der Startschuss für die Planung der 2. Etappe erfolgte im Dezember 2002 mit einer Begehung der Pflegekommission der Stiftung Seebachtal. Dabei wurde das Projekt im Feld besprochen und planerisch im Grobentwurf aufskizziert. Nach dieser Begehung machten sich die Herren Dr. A. Schläfli (Botaniker), E. Akeret (Ornithologe) und J. Rieder (Umweltnaturwissenschafter) zusammen mit dem Wasserbauingenieur K. Fröhlich von der Fröhlich Wasserbau AG in Frauenfeld an die Detailplanung und erste Ausarbeitung des Ausführungsprojektes. Die technische Machbarkeit wurde mit Herrn A. Hasler vom Landwirtschaftsamt des Kantons Thurgau vor Ort besprochen. Dieser erste Entwurf wurde dann in der Pflegekommission eingehend diskutiert und zur Überarbeitung ans Projektteam zurückgewiesen. Das revidierte Projekt wurde im März 2003 einstimmig von der Pflegkommission gutgeheissen und als Auflageprojekt verabschiedet.

In der 2. Etappe werden zwei Flächen renaturiert. Auf einer Fläche von knapp drei Hektaren (Im Riet, südwestlich des Nussbaumersees, Schwerpunktskoordinaten ca. 703300/274450) werden Ufer abgeflacht, Amphibientümpel angelegt, Flachmoorbereiche renaturiert, Drainagen offen gelegt und Einzelbäume gepflanzt. Auf einer zweiten Fläche von ca. 30-40a (Moorwald Obersee, südwestlich des Hüttwilersees, Schwerpunktskoordinaten ca. 704850/274500) werden einzelne Bäume und Büsche gepflanzt, Drainagen offen gelegt und Stichgräben mit möglichst variabeln Sohlenbreiten geschaffen. Der vorhandene, standortfremde Fichtenwald wird gerodet, aber in die zukünftige Waldfläche miteinbezogen. Die 2. Etappe soll im Sommer 2003 realisiert werden.

Die Ziele der 2. Etappe der Renaturierungsmassnahmen sind die Abflachung der Seeufer, die Revitalisierung von moorigen Böden, das Erhöhen des Gewässerangebots mit Teichen und Tümpeln, die Pflanzung von markanten Einzelbäumen (z.B. Eichen) und das Anlegen von Kleinstrukturen. Mit der Uferabflachung soll dem Nussbaumersee ein kleiner Teil der wertvollen Flachwasser- und Verlandungszone zurück gegeben werden, die durch die Seeabsenkung vollständig verloren ging. Neben positiven Auswirkungen auf die Wasserqualität, soll durch die Massnahme auch ein verbessertes Laichplatzangebot geschaffen werden. Während der seenahe Bereich durchaus bei Hochwasserständen überschwemmt werden darf, sollen die hinterliegenden, südlichen Amphibienweiher ein Niveau aufweisen, das eine Verbindung zum See ausschliesst, damit unerwünschte Fischbestände in diesen Weihern ausgeschlossen werden können. Für die Revitalisierung von moorigen Böden eignet sich das gewählt Grundstück ganz besonders, können aufgrund der topographischen Situation dort doch mit effizientestem Mitteleinsatz genau jene Voraussetzungen geschaffen werden, welche das Geobotanische Institut der ETH Zürich als ideal für die erfolgreiche Wiederansiedlung von Flachmoorarten bezeichnet hat. Mit der Gestaltung von offenen und vielfältigen Habitaten werden wärmeliebende Arten der offenen und extensiven Landschaften, wie Reptilien, Amphibien, Tagfalter, Heuschrecken und Libellen gefördert. Mit der Pflanzung von einheimischen Gehölzen (vor allem Weichhölzer) wird die Förderung des im Seebachtal vorkommenden Bibers angestrebt. Von den offenen, flachen und wechselfeuchten Uferbereichen werden auch diverse Vögel (unter anderem Limikolen) profitieren.